Les préhistoriens s’accordent à penser que les populations primitives du continent américain étaient d’origine asiatique. Les premières migrations d’humains ont lieu aux alentours de 50000 av. JC.
Les premiers hommes sont arrivés d’Asie en Amérique par le détroit de Bering.
La terre chilienne ne reçoit ses premiers habitants que vers 10000 av. JC. C’est à San Pedro de Atacama que l’on retrouve les vestiges les plus anciens alors que la région centrale et la Terre de Feu ne semble avoir été peuplées que plus tard.
La civilisation atacaméenne est élaborée. La région est aride mais les atacaméens conçoivent des systèmes d’irrigation permettant les efficaces cultures en terrasse. On cultive principalement des haricots, du maïs et de la pomme de terre. Les premières populations possèdent les lamas qu’ils utilisent pour le transport, la nourriture ou la laine. On sait peu de chose sur la culture atacaméenne. Avant l’arrivée des premiers colons espagnols, 70 ans de domination inca avaient dilué la culture propre à la région. L’inca Tupac Yupanqui, puis son fils Huayna Capac étendent l’Empire Inca jusqu’au centre du Chili. Ils rencontrent peu de résistance au nord du pays. En effet, les populations d’origine sont déjà organisées en sociétés hiérarchisées qui acceptent facilement la tutelle inca. Les indiens Mapuches, quant à eux, opposent une résistance farouche face aux incas. Ils ont gain de cause car la frontière avec l’Empire Inca est fixée au fleuve de Maipo, dans la région centrale. On constate donc que les Incas n’ont pas le temps de développer une activité colonisatrice d’envergure et que leur influence reste peu notable au Chili.